Управление учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности (устав п.5). Бюджетное учреждение возглавляет директор. Основными формами самоуправления в МОБУ СОШ №89 являются:

—        общее собрание трудового коллектива;

—        управляющий совет;

—        педагогический совет;

—        родительский совет.